日本天台宗的特色之一就是顯密一體，創始人最澄大師曾撰著《藥師如來講式》、《藥師儀軌》、《藥師如來念誦法》(收錄於《傳教大師全集》)等藥師佛顯密修法儀軌。由最澄大師創始的「日本佛教母親之山」比叡山延曆寺的根本中堂始建於1642年，木質的結構顯得古樸莊嚴，裡面供奉的就是藥師佛像，但這尊佛像秘而不宣，稱之為「秘佛」。據說是公元804年由最澄大師用一根靈木一刀一刀雕刻而成，每刻一刀都要給佛像恭敬磕頭，最後完成時，這尊佛像開口說了《法華經》里的四句偈頌:「佛自住大乘，如其所得法，定慧力莊嚴，以此度眾生。」 在每年日本的除夕夜，延曆寺都會在根本中堂舉辦修正會，大法師在此藥師秘佛面前供修護摩。
如今所見的藥師寺，就在唐招提寺旁。此寺以三重寶塔、藥師三尊像和聖觀音像著名，而藥師三尊像最初全身鍍金，經過數百年的空氣接觸，表面變黑，已是彷彿乾漆製造的佛像。金堂中的藥師如來坐像是日本佛教美術的最佳傑作之一，享有盛譽。
